自己の判断で行動するモード。 KOS-MOSがセンサーから入力されてくる外部の情報を独自の判断によって処理し、行動することを意味している。
本来ならシオンの端末からコードを打ち込まない限り、自律モードで起動できない設定になっていて、『絶対に』稼動することはないはずだった。